כתם לידה הסרט עוקב אחר סיפורים מקבילים המתרחשים בשני מקומות: עיירה קטנה בגרמניה ומושב בישראל. הסיפורים עומדים זה לצד זה ומקיימים ביניהם יחסים של השלמה וניגוד. הסרט מוקרן בשני מסכים צמודים ומסונכרנים היוצרים את התמונה השלמה. הסרט מתחיל בשני אירועים: חגיגת שבועות במושב ותהלוכה -נוצרית-קתולית בעיירה הגרמנית. משם הוא עובר לתיאור פעולות יומיומיות אחרות שבהן עוסקים אנשי המקום: טיוח, חריתה, פיסול, ציור וקעקוע. עיסוקים אלו מקבלים משמעות סימבולית ככל שנחשפות אמיתות על המקומות שבהם התושבים חיים. העלילה נעה מההווה לעבר, ומהזיכרון האישי לפולחנים הקולקטיביים. אז מתחלף התיאור התמים במבט ביקורתי. "כתם-לידה" הוא יצירה משותפת של שני יוצרים החיים ביחד כעשור. קמרר והורודי חוקרים את המושג "זיכרון היסטורי", ובמהלך הסרט מקלפים את השכבות המכסות על העבר. היוצרים מתמודדים עם שאלת האשם העולה מתוך החיים במקומות שבהם הם גדלו: גרמניה בדור אחרי מלחמת העולם השניה וישראל בדור אחרי מלחמת 48.